本文是我的「Python学习笔记」第四篇。主要涉及了python编程中的「文件对象」&「错误处理」。
本文是我的「Python学习笔记」第三篇。主要涉及了 python 编程中的「模块」以及「面向对象编程」。
本文是我的「Python学习笔记」第二篇。主要涉及了python编程中的「函数」以及更高阶的「函数式编程」。
本文是我的「Python学习笔记」第一篇。主要涉及了python编程中的「Python基础」「数据类型」「控制流」三个话题。虽然使用python已经有1年多的时间了,但还未系统的学习过一遍基础知识。最近趁着有空,仔细的整理了常用的python基础知识,总结成思维导图的形式。建议大家学习的时候把导图作为「复习参考」知识点,打基础还是需要一点点阅读更为系统的学习资料(可以看我的参考资料部分)。
CLIP-seq和CHIP-seq是常见的「高通量测序方法」,两者分析有共通之处但也有明显差异,大家可以对比着看这两个分析流程。因为还没进展到具体数据分析,所以只是简略阐述了各个分析步骤及注意事项,未涉及具体软件的比较。可以通过本文来简单入门,深入的学习方法我会未来再整理出来。
Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件,用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后,第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件,我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。